《末代御医》分集剧情（6~10集）播出日期2016年4月4日至4月8日

第6集（4月4日）

为解开皇帝心结，杜仲愿意为光绪和珍妃传递书信；另一方面，载沣为讨德龄欢心聘葛根作他的近身侍卫。伏苓在宫中教众多嬷嬷按脚，其实是检视她们的脚踭有否纹身。伏苓代锡庚随杜仲为珍妃诊症，伏苓同情珍妃，竟大胆应承和杜仲为他们安排见面；最后事情竟被慈禧撞破。葛根随载沣到颐和园花园，见瑜、慧两位贵妃，以及涴佳和幼兰；杜仲和锡庚在京城大街见义和团拳民聚集，拳民领袖铁骨更硬灌年轻人饮下符水，杜仲和锡庚即为他救治。慈禧与各大臣商讨国事，载漪则认为可倚仗拳民的神功护体，挫洋人锐气。

第7集（4月5日）

德龄与载沣约会后，由葛根陪她到教堂，途中遇到义和团拳民；伏苓在街上遇到秋萍和杜仲，听到拳民到教堂捣乱，担心神父安全立即赶往。孕妇要生孩子，伏苓愿意以性命交换孕妇，杜仲却抢了匕首自插腹部。伏苓通宵为杜仲制作医治刀伤药膏，杜仲感激。杜仲向秋萍承认伏苓是他的逃婚妾侍，百合暗生醋意。珍妃很想光绪能强身健体，雨露能均分予皇后和瑾妃，伏苓开药方交予珍妃。慈禧得悉光绪发病是服食壮阳药而大兴问罪，珍妃则呼冤。慈禧召见光绪和载沣，以为光绪给予公使好处，向她逼宫还他政权。

第8集（4月6日）

慈禧认为光绪受珍妃唆摆，有意废掉她；光绪返回瀛台又再病发，杜仲到乐寿堂为慈禧请脉，借机向她进言劝谏。伏苓为扭伤脚的陈嬷嬷按脚，竟发现她脚踭上有蝠鼠纹身。伏苓再约嬷嬷时却发现她死去，载漪刚经过便捉她回去审讯。德龄送葛根西洋礼服，要他参加她的生日舞会，伏苓教葛根邀德龄跳西洋舞，并向她示爱。光绪上朝听政，载漪赞成朝廷向诸国开战还以颜色，光绪反对开战，二人各执己见。慈禧决意招揽义和团与载漪的军队合力对付西洋诸国。载漪盼世凯相助，世凯不曾表态，只向载漪奉承……

第9集（4月7日）

伏苓向珍妃献计，由她邀隆裕和瑾妃为光绪表演舞艺，可惜瑾妃舞技有限，令隆裕受伤。伏苓以为百川是消息人士向他念暗号，百川欲杀她；杜仲与百川打斗受伤，伏苓帮他推拿却令戴娣和明珠误会他们余情未了。众御医抱怨杜仲处事鲁莽，杜仲与各人争论之际，涴佳奉慈禧口谕要随杜仲学习医术。幼兰脸上长满红点，杜仲怀疑她吃了致敏食物。珍妃念着死去胎儿每夜睡不安宁，伏苓愿代她去拜祭婴灵。伏苓与杜仲前去祭祀，突然看到余嬷嬷疯疯癫癫来拜祭婴灵。二人返回太医院，锡庚跑来告知余嬷嬷悬梁自尽……

第10集（4月8日）

慈禧率众妃到庙中礼佛，光绪与珍妃跪拜请慈禧停止向联军宣战；慈禧以为光绪受珍妃唆摆威胁她，命人掌掴珍妃，光绪哀求至吐血晕倒。 1900年八国联军攻入北京，载漪和载沣接慈禧离宫西狩，玉贵到瀛台接走光绪，但独留珍妃在北三所。光绪嘱杜仲接珍妃跟上大队，杜仲带珍妃和伏苓离开紫禁城，却遇上英军杀入。德龄到存仁馆找葛根，却被铁骨胁持走入存仁馆躲避洋兵追杀。锡庚找杜仲返太医院收起藏书，这时日军大佐领兵进驻，要御医交出《青囊书》。伏苓向大佐袭击，混乱间枪伤大佐，杜仲请缨为大佐做手术……