《末代御医》分集剧情（11~15集）播出日期2016年4月11日至4月15日

第11集（4月11日）

大佐见杜仲肯自我牺牲，决定放过伏苓和太医院所有人。杜仲邀伏苓返家躲避联军，百合担心杜仲折返，却看到他和伏苓竟有说有笑。瑜贵妃和军机大臣商讨对联军提出的议和条件，载沣更向鸿章冷嘲热讽。百合揭穿杜仲和伏苓早已相认，两人向百合发毒誓表示从没有背叛她。鸿章签下辛丑条约，慈禧和光绪即将从西安返回紫禁城。杜仲未能寻找珍妃自觉失职，向光绪请辞，光绪反要他留下尽力寻回珍妃。被联军囚禁的玉贵向慈禧和光绪禀报未曾见过珍妃。御医报告太监和嬷嬷出现屙呕征状，杜仲怀疑水源问题，锡庚在水井发现死尸……

第12集（4月12日）

大家猜测珍妃怕受洋人凌辱投井自尽，但杜仲不信；慈禧禁止各人向光绪泄露珍妃已死。七叔要伏苓尽快查出内应和有关朝廷潜伏组织里的奸细名册。葛根找玉贵喝酒，其实是载沣要他向玉贵打探珍妃之事。如意向杜仲表明她要结婚，对象是玉贵，而他会找人借种生子。玉贵与如意喝过合卺酒后迷迷糊糊地晕倒，醒来时已被五花大绑。杜仲将已签押供词的玉贵准备送交载沣处理时，有黑衣人将玉贵和供词一并带走。杜仲将珍妃信件和珍珠交到光绪手上，杜仲开解光绪。载漪带着儿子逃难却被载沣截获，载沣将载漪押至慈禧面前审讯……

第13集（4月13日）

伏苓知道百合双脚有望康复，更用心教杜仲学习推拿。载沣向慈禧痛陈与诸国公使关系的利害，游说她在宫中设宴款待诸国公使夫人，更建议由德龄统筹宴会。当慈禧与隆裕等人称赞载沣和德龄，瑜贵妃认为是时候为载沣娶福晋，直指幼兰是合适人选，慈禧决定为他们赐婚。杜仲每日到存仁馆跟伏苓学习推拿，明珠等人以为他们感情迈进一步。伏苓研制好药膏特来送给杜仲医治百合，杜仲感激。百合受伤脚骨折断，百合提议找伏苓医治；百合知道双脚无复原机会，倒在杜仲怀中痛哭。伏苓感觉百合的说话似是对她所说，令她不安……

第14集（4月14日）

光绪策划另一套新政但怕又被慈禧推倒，杜仲提议可借他人之手执行。载沣特意安排慈禧、光绪和皇后及众妃赏花，远处突然飞出大量蝴蝶蔚为奇观；见慈禧欣喜，载沣乘时向慈禧提出推行新政。载沣的侍卫逮着玉贵，玉贵为求脱身，向载沣供出乱党情报。载沣带侍卫追至石屋附近，葛根入屋发现伏苓中弹晕倒，连忙找杜仲救伏苓。杜仲发觉伏苓还未完全退热，便决定返家取药。回家后百合坚持和他包饺子，但杜仲终按捺不住放下百合赶着送药去。载沣来到存仁馆追查七叔和伏苓，更硬要伏苓替他推拿试探；伏苓明知载沣以推拿为名，试探她为实。

第15集（4月15日）

世凯特意送来贺礼，更向载沣分析娶了荣禄女儿能令他事业更上一层楼。载沣与瑜贵妃约会，被德龄发现载沣和瑜贵妃有私情。葛根向德龄示爱，但她只视其为知己。慈禧忽然上吐下泻找杜仲请脉，杜仲检查慈禧的消渴症药物没有相冲征状，最后怀疑药材出问题，找来涴佳和锡庚一起试药；锡庚查出白凤丸竟是来自良济赞堂。顺天府缉拿金赞归案，并将良济赞堂查封。杜仲往顺天府监牢探望金赞，见他被打至重伤，决要为岳父翻案。杜仲求文光出面向顺天府发还白凤丸检验，文光怕连累太医院而拒绝。杜仲返家，百合告知金赞死在狱中且已签押认罪……