《末代御医》分集剧情（1~5集）播出日期2016年3月28日至4月1日

第1集（3月28日）

杜仲（郭晋安饰）赶往瀛台，为已奄奄一息的光绪皇帝（敖嘉年饰）把脉，并好言安慰他。杜仲 不理众人反对自己煎药，当他折返光绪寝宫，已见隆裕（周宝霖饰）、瑾妃（李绮雯饰）、载沣（张頴康饰）已跪在床前痛哭，因光绪已驾崩。杜仲怀疑光绪死于砒霜毒，慈禧（罗兰饰）允许他用一天时间查出光绪死因。杜仲在寝宫椅脚下发现一个相识的玉珮。追溯十年前，伏苓（杨怡饰）从外地回到家乡，因她多年前曾闹出大事，之后被杜仲驱逐离开家乡。伏苓回家眼见父亲的跌打馆变成赌坊，之后跟师弟葛根（林子善饰）回家见嫲嫲戴娣和姑母伏明珠，明珠要伏苓赎回存仁馆。伏苓偷入杜府书房寻找屋契，不慎打翻香炉，被在卧房的杜夫人洪百合（贾晓晨饰）听到；百合不慎跌倒，伏苓于心不忍救出百合，方知她不良于行。杜仲本为良济赞堂名医，有日他受袁世凯（蔡国庆饰）邀请出诊，世凯更对杜仲留下好印象。伏苓知存仁馆将要改为妓院后，再偷屋契时被杜仲捉个正着。

第2集（3月29日）

世凯使人送来轮椅赠百合，更有意罗致杜仲担任其新军军医，杜仲推辞。杜仲到教堂与泰来神父交流医术，神父请他为一位至交医治咳嗽。存仁馆重新开张，伏苓和葛根戮力推销秘制药丸和药酒，可惜无人问津；见债主临门，葛根愿意打擂台赚钱还债。李鸿章赞赏杜仲医术，邀他为一位“贵人”治怪病；来到颐和园乐寿堂，杜仲发现患者正是慈禧太后。杜仲为慈禧检查脚部，发现慈禧脚有伤痕但袜子却干净如新。他跟随涴佳格格到杂物房找寻慈禧的旧袜子，但见袜子上染有血迹和黏有乌鸦粪便。慈禧到瀛台送光绪补药，岂料光绪反惹得慈禧不满。

第3集（3月30日）

杜仲之姑母杜秋萍担心无子嗣，探听百合不反对杜仲纳妾，便带少女金花到药店给杜仲相亲；杜仲在翻阅医书之际似有发现，竟要秋萍带金花再见他，但不许她化妆。慈禧供奉文殊菩萨，在颐和园搭建戏棚，属意端郡王载漪与子溥俊陪同观戏。隆裕与慧贵妃、瑾妃求光绪出席，光绪为求早日与珍妃相见答允出席。慈禧知道珍妃滑胎大为震怒，以为是珍妃与她作对才隐瞒怀孕之事，涴佳推荐杜仲入太医院。御医们见杜仲被慈禧赐封为御医，既妒忌又担心。锡庚为杜仲介绍太医院运作，更对杜仲的医术拜服。锡庚带杜仲到珍妃住所，没料被珍妃棒打……

第4集（3月31日）

伏苓见金花与母买嫁女饼，又见有家丁给杜府送来厚礼，令她怀疑自己一直误会杜仲。葛根陪伏苓到庙中参神，却不小心撞到玉贵。伏苓见玉贵未能带她入谋差事，于是转移向杜仲埋手；杜仲起了恻隐之心，终带她见院使大人艾文光。时锡庚谓隆裕扭伤颈，伏苓请缨效劳，成功让隆裕给伏苓令牌每日自由进宫为她推拿。伏苓向七叔报喜她已取得隆裕信任，七叔要伏苓追查神秘人下落。众妃嫔知道隆裕按脚推拿能变得年轻貌美，纷纷找伏苓按脚推拿。载漪探望光绪，光绪指他近日患腹泻不止。慈禧责艾文光三人，怀安提议杜仲为光绪诊治。

第5集（4月1日）

在未查明病因前，杜仲建议光绪饮用生理盐水以防缺水和缺盐，之后匆匆到北三所告知珍妃光绪病况。德龄与神父聚旧，刚巧有病人找神父只留下德龄弹琴，岂料琴声竟吸引送货的葛根。葛根还带德龄到花园参观圣母像，却被葛根旧友虎和豹捉拿，指用德龄向义和团领赏钱。杜仲怀疑光绪中一些不知名的毒，忽留意牡丹花枯萎却有檀香味，觉得光绪所用的檀香可疑。杜仲做实验时有一黑影从外而至，黑衣人更抢去实验老鼠及檀香；杜仲从光绪知道檀香是载漪送赠，要他小心防范。载漪感谢世凯，世凯劝载漪利用义和团……