《末代御医》分集剧情（16~20集）播出日期2016年4月18日至4月22日

第16集（4月18日）

杜仲发现有人将旧药丸用下价蜂蜡重新包装，当作新药卖给太医院赚取利润。良济赞堂解封重开，由百合打理。百合得悉杜仲破案是伏苓暗中帮忙，对她更恨之入骨。载沣和幼兰完婚，慈禧促他们为皇族开枝散叶。光绪建议引入西洋医学，全权交由杜仲执行。伏苓遇见组织的负责人徐扁；徐扁指收到线报得知载沣得到一批军火，组织有意劫走。杜仲到王府为幼兰胎儿把脉，听见玉贵向载沣报告革命党要劫他的军火；杜仲担心伏苓，立即坐车赶去仓库，至山腰已看到仓库爆炸。慈禧嘱咐幼兰到庙里祈福，幼兰一时失足竟在石阶上跌倒……

第17集（4月19日）

杜仲为幼兰把脉，认为有难产危险，决定请泰来神父剖腹产子，由他全权负责。三年后，溥仪长得趣致可爱，瑜贵妃建议留溥仪在宫中陪伴慈禧，载沣赞成。光绪向杜仲透露有意推行君主立宪制，杜仲认为他可向慈禧言明一切。涴佳意外见到葛根在弹琴，便鼓励葛根到外面见识。杜仲发现光绪吸食麻勃（大麻），劝他停止吸食。慈禧被光绪气至心力交瘁，有意废除光绪。杜仲轻描淡写地问伏苓近况，见到葛根神情闪缩，料他有事隐瞒；世凯向载沣表明留在军机处犹如投闲置散，决意解甲归田，载沣乐意成全……

第18集（4月20日）

杜仲知道光绪将遭人刺杀，坚决入宫救他，伏苓决定跟杜仲一起救光绪。百合约伏苓见面，当伏苓与百合取起酒杯时，杜仲赶至指出伏苓的酒有毒，百合指自己手上的酒才是毒酒，跟着将毒酒一饮而尽。慈禧患消渴症身体日渐衰弱；世凯赶来巴结载沣，但提醒他倘若慈禧比光绪早逝的话，光绪将重掌政权。虚弱的光绪再感染风寒，但仍不舍得放弃君主立宪之事。徐扁冒认伏苓约杜仲见面杀他，伏苓及时来到救走杜仲；光绪病情急转直下，杜仲开了重药可惜未及给光绪服食他已驾崩。慈禧命杜仲彻查光绪死因。杜仲拾到伏苓的玉珮，怀疑伏苓害死光绪。

第19集（4月21日）

杜仲肯定光绪死于砒霜，各人提出杀光绪的可疑人；杜仲觉得玉贵和载沣均有可疑，决兵分两路调查。隆裕、瑾妃在御花园陪伴溥仪玩耍，瑜贵妃出现后向皇后和瑾妃炫耀她与载沣感情深厚；载沣之后约见瑜贵妃与她划清界线。涴佳等人质问玉贵，玉贵否认但指曾偷听到慈禧吩咐连英落毒。杜仲与伏苓追查载沣，幼兰听到后心中惶恐，因为她曾发现载沣藏有老鼠药。连英被葛根弄晕后送到光绪寝宫里，连英指光绪身边两个太监嫌疑最大，其中小林子好赌成性，可能被收买杀害光绪；小蔡子谓小林子失踪前突然还清欠债，银票是来自世凯……

第20集（4月22日）

杜仲用银针为光绪验尸，证实光绪是服砒霜而死；杜仲回想起他返瀛台了解光绪驾崩之事，肯定光绪死前曾写下遗书。慈禧向外公布光绪因病驾崩，伏苓劝杜仲勿介怀他的死因。杜仲如实告知慈禧光绪死因，慈禧不信反斥责光绪，杜仲从衣袖里取出光绪遗书；原来遗书是杜仲入宫面见慈禧时伏苓交给他。伏苓安排葛根接莲子和百合到渡头，并催促杜仲离开紫禁城，指载沣绝不会放过他。溥仪登基，载沣得偿所愿成为摄政王，可惜清朝积弱载沣无力挽救。至一九一五年，世凯称帝，锡庚已是京城坊间医师；在南方城镇医疗站，杜仲忙碌救治伤兵……